El Fosfato de cloroquina tiene una fuerte fuerza de unión a las proteínas nucleares, y el grupo 7-cloro cargado negativamente en su anillo de quinolina está cerca del grupo 2-amino en el DNA guanina, permitiendo insertar cloroquina entre las dos hebras de la doble hélice del ADN. Los complejos se forman con ADN, evitando así la replicación del ADN y la transcripción del RNA. La cloroquina también puede inhibir la incorporación de ácido fosfórico en el ADN y el RNA del parásito de la malaria, que interfiere con la reproducción del parásito de la malaria debido a la reducción de la síntesis de ácidos nucleicos.

El Fosfato de cloroquina CAS 50-63-5 es un fármaco antipalúdico de 4-aminoquinolina, que puede inhibir la síntesis de ácido nucleico de plasmodium schizont, interferir con el crecimiento y la reproducción de los parásitos de la malaria, Y tienen un efecto mortal eficiente sobre los esquizontes endoplasmales rojos de los parásitos de la malaria Plasmodium.