La estructura química del citrato de mosaprida es similar a la cisaprida, ambos derivados de benzamida. El mecanismo de la motilidad gástrica de los dos fármacos también es similar, ambos promueven el vaciado gástrico al estimular los receptores 5-HT4 del plexo muscular del intestino, lo que resulta en una mayor liberación de acetilcolina de las terminaciones nerviosas. A diferencia de la cisaprida, El citrato de mosaprida actúa selectivamente sobre el tracto gastrointestinal superior y no tiene ningún efecto sobre la motilidad colónica, lo que reduce los efectos secundarios como dolor abdominal, aumento de la frecuencia de evacuación intestinal, diarrea y heces blandas debido a la hipermotilidad colónica, y debido a que no tiene afinidad con los receptores de dopamina D2, Puede evitar efectos secundarios como reacciones extrapiramidales y aumento de la secreción de prolactina causada por el antagonismo de los receptores de dopamina D2.

El citrato de mosaprida se utiliza para el alivio de la gastritis crónica, la dispepsia funcional, la esofagitis por reflujo y una variedad de síntomas gastrointestinales asociados con la cirugía.